Toegepaste Bioinformatica 

Werkvorm: geïntegreerd geheel van prakticum en college
Contact: dr. C.W.G. van Gelder, 3666120,

Als je de cursus toegepaste bioinformatica met goed resultaat hebt afgesloten:

• Ben je in staat om de methoden van de bioinformatica in de praktijk toe te passen op biologische, (bio)chemische en biomedische vraagstukken.
• Kun je bioinformatica databases bevragen via het WWW.
• Kun je DNA en eiwitsequenties die je gevonden hebt analyseren en er een (multiple) sequentie alignment mee maken. Hiermee kun je  trefzeker, weloverwogen en wetenschappelijk verantwoord  eigenschappen van het ene eiwit  afleiden uit reeds bekende eigenschappen van andere eiwitten.
• beschik je over een gedegen kennis van de speciale eigenschappen van aminozuren en de wijze waarop die eiwiteigenschappen bepalen.
• kun je de secundaire structuur van eiwitten voorspellen en deze gebruiken bij het oplossen van eiwit sequentie gerelateerde vraagstukken.
• ben je voldoende onderlegd om aan onder meer de volgende vervolgcursussen te kunnen deelnemen:  Structure, Function, Bioinformatics (MOL066) (over macromolecular structures), Comparative Genomics (MOL073)  (over genomics) and Computational Drug Discovery (CMBI101)  (over drug design).
  
  

• Gebruik van databases en database search software. Gedegen kennis van de aminozuren, hun fysisch/chemische eigenschappen, en de relatie tussen deze eigenschappen en de structuur en functie van het hele eiwit.
• Begrip van de significantie van sequentie vergelijkingsresultaten.
• Secundaire structuur voorspelling en het gebruik van de voorspelde secundaire structuur bij het oplossen van eiwit sequentie gerelateerde vraagstukken.
• Sequentie en multiple sequentie alignment software gebruik en interpretatie van resultaten.
• Gebruik van gedetecteerde sequentie homologen, en (sequentie) databases en bijbehorende software om informatie over een nog ongekarakteriseerd eiwit te verzamelen.
• Tijdens de tweede helft van de cursus wordt een praktijkgericht project gedaan over een belangrijk biologisch of biomedisch probleem uit de researchpraktijk, bijvoorbeeld een bepaald ziektebeeld, waarna de studenten zelf aan de slag gaan om dit probleem vanuit een bioinformatica invalshoek te bestuderen.

Eindcijfer wordt samengesteld uit resultaten van het schriftelijk tentamen en 1 projectverslag dat de student (samen met een medestudent) maakt.

Materiaal wordt uitgereikt tijdens de cursus.