Werkvormen
- 64 uur computerpracticum
- 8 uur hoorcollege
|
Leerdoelen
Als je de cursus toegepaste Bioinformatica A met goed resultaat hebt afgesloten: - Ben je in staat om de methoden van de bioinformatica in de praktijk toe te passen op biologische, (bio)chemische en biomedische vraagstukken.
- Kun je bioinformatica databases bevragen via het WWW.
- Kun je DNA en eiwitsequenties die je gevonden hebt analyseren en er een (multiple) sequentie alignment mee maken. Hiermee kun je trefzeker, weloverwogen en wetenschappelijk verantwoord eigenschappen van het ene eiwit afleiden uit reeds bekende eigenschappen van andere eiwitten.
- beschik je over een gedegen kennis van de speciale eigenschappen van aminozuren en de wijze waarop die eiwiteigenschappen bepalen.
- kun je de secundaire structuur van eiwitten voorspellen en deze gebruiken bij het oplossen van eiwit sequentie gerelateerde vraagstukken.
- ben je voldoende onderlegd om aan onder meer de volgende vervolgcursussen te kunnen deelnemen: Structure, Function, Bioinformatics (MOL066) (over macromolecular structures), Comparative Genomics (MOL073) (over genomics) and Computational Drug Discovery (CMBI101) (over drug design).
|
Beschrijving
- Gebruik van databases en database search software. Gedegen kennis van de aminozuren, hun fysisch/chemische eigenschappen, en de relatie tussen deze eigenschappen en de structuur en functie van het hele eiwit.
- Begrip van de significantie van sequentie vergelijkingsresultaten.
- Secundaire structuur voorspelling en het gebruik van de voorspelde secundaire structuur bij het oplossen van eiwit sequentie gerelateerde vraagstukken.
- Sequentie en multiple sequentie alignment software gebruik en interpretatie van resultaten.
- Gebruik van gedetecteerde sequentie homologen, en (sequentie) databases en bijbehorende software om informatie over een nog ongekarakteriseerd eiwit te verzamelen.
|
Tentaminering
Schriftelijke tussentoets, projectverslag, schriftelijk tentamen.
|
Literatuur
Materiaal wordt tijdens cursus ter beschikking gesteld.
|